永禄5年（1562年）から永禄9年（1566年）にかけて、毛利元就は尼子氏の本拠・出雲月山富田城の攻略を進め、周辺一帯に付城網を築いて包囲網を狭めた。鳶ヶ巣城もこの出雲侵攻期に毛利方の拠点網の一つとして使用されたとみられている。