延元元年（1336年）、新田義貞は後醍醐天皇の皇子・尊良親王らを奉じて金ヶ崎城に籠城した。足利方の斯波高経に包囲され兵糧攻めに遭う中、援軍要請のため城を脱出したが再入城できず、翌1337年3月6日、城に残された尊良親王・嫡男義顕は自害し落城した。

元亀元年（1570年）4月、越前侵攻中の織田信長は金ヶ崎城を攻め、朝倉方の守将・朝倉景恒を降伏させた。直後に同盟者・浅井長政の離反が発覚し挟撃の危機に陥ったため、信長は撤退を決断し木下藤吉郎（秀吉）らに殿を命じて京へ引き返した（金ヶ崎の退き口）。

元亀元年（1570年）4月、浅井長政の裏切りで挟撃の危機に陥った織田軍の撤退にあたり、木下藤吉郎（後の豊臣秀吉）は金ヶ崎城で殿（しんがり）を任され、追撃する朝倉軍を食い止めながら信長本隊を無事京へ帰還させたと伝わる（金ヶ崎の退き口）。