下京区猪熊通五条上る柿本町に位置する日蓮宗の寺院。大本山本圀寺の塔頭寺院であり、永正元年（1504年）に日受上人によって開山された。本圀寺は日蓮の直弟子・日朗を開山とし、足利将軍家の庇護を受けて「西の祖山」と称えられた日蓮宗の名刹である。永禄11年（1568年）には足利義昭が本圀寺を仮御所（六条御所）として使用し、翌年の本圀寺の変（1569年）では三好三人衆らの急襲を受けた。昭和44年（1969年）に本坊が山科区に移転した後も、智了院は16ある塔頭のひとつとして旧地に留まり続けている。

永正元年（1504年）、日受上人によって大本山本圀寺の塔頭として開かれた。本圀寺は日蓮の直弟子・日朗を開山とし、室町幕府の庇護を受けて「西の祖山」と称された日蓮宗の名刹である。永禄11年（1568年）、織田信長に擁立された15代将軍・足利義昭が本圀寺を仮御所（六条御所）として用い、翌年の本圀寺の変（1569年）では三好三人衆らの急襲を受けたが信長の急行によって撃退された。昭和44年（1969年）に本圀寺の本坊が山科区へ移転した後も、智了院は他の塔頭とともに旧境内である下京区猪熊通五条に残り、470年以上にわたる法灯を今に伝えている。