文明10年（1478年）、吉崎から京都に戻った本願寺8世・蓮如は山科の地に本願寺再興を決意し、10年以上の歳月をかけて壮大な伽藍を築いた。寛正6年（1465年）に比叡山衆徒によって大谷本願寺が破却されて以来、流転を重ねてきた本願寺がここに恒久の本拠を得たのである。山科本願寺は土塁と堀で囲まれた巨大な寺内町を形成し、全国の一向宗門徒を統率する教団本部として機能。蓮如はここで「御文」の執筆と門徒組織の整備を進め、浄土真宗を日本最大の宗派へと押し上げる仕上げの仕事を行った。明応8年（1499年）、蓮如は85歳でこの山科本願寺で入寂。御廟所は現在も山科本願寺跡に隣接して残る。本願寺中興の祖・蓮如の生涯は、山科本願寺の完成によって結実したといえる。

蓮如が1478年に築いた本願寺の拠点。大谷廟堂から移された親鸞の御影を本尊として安置した一向宗布教の中心地。