慶長5年（1600年）4月、オランダ船リーフデ号が豊後国臼杵に漂着した。乗組員のうち生存していた約20名の中に、イギリス人航海士ウィリアム・アダムス（後の三浦按針）がいた。アダムスは大坂に送られて徳川家康と面会し、航海術・造船術・西洋事情の知識を買われて家康の外交顧問となった。この臼杵への漂着が、按針の日本での波乱に満ちた後半生の始まりであった。

天文20年（1551年）、フランシスコ・ザビエルは豊後国府内（現在の大分市）で大友宗麟と会見した。宗麟はキリスト教に好意的で、ザビエルに布教を許可し、後にキリシタン大名として知られるようになった。臼杵は宗麟の居城があった地であり、ザビエルと宗麟の出会いが九州のキリスト教布教の基盤を築いた。