永禄5年（1562年）ごろ、キリシタン大名・大友宗麟が臼杵湾の丹生島（にゅうじま）に築いた海城。別名「丹生島城」。天正14年（1586年）の島津軍侵攻ではポルトガル伝来の大砲「国崩し」（フランキ砲）で撃退し、難攻不落の海上要塞として名を轟かせた。江戸時代は稲葉氏15代の居城で、二の丸の畳櫓などが現存する。令和7年（2025年）に国の史跡に指定された。

豊後の大名・大友義鎮（宗麟）は弘治3年（1557年）頃に臼杵湾の丹生島へ本拠を移し、永禄5年（1562年）ごろに本格的な海城を築いたとされる。四方を海に囲まれた天然の要害を利用し、宗麟はここでキリスト教布教を後援した。天正14年（1586年）の島津軍侵攻では、ポルトガル伝来の大砲「フランキ砲」（国崩し）で撃退したと伝わり、西洋火器が日本の実戦で活躍した最初期の事例のひとつとされる。関ヶ原後の慶長5年（1600年）に稲葉貞通が入封し、以後稲葉氏15代・5万石が明治まで藩政を担った。明治20年（1887年）に周囲の海が埋め立てられて陸続きとなり、現在は二の丸の畳櫓と本丸の卯寅口門脇櫓が現存する。