天正6年（1578年）、御館の乱の最中、上杉景勝は後北条氏の越後侵入を阻止するため家臣に命じて荒戸城を築かせた。同年7月に一度落城したが、翌天正7年（1579年）2月に景勝は奪還し、その後も城将を配して越後南部の防衛拠点とした。