天正13年（1585年）、紀州・四国平定後に大和郡山城主となった豊臣秀長は、重臣の本多氏を高取城に配置した。本多氏は秀長の命のもと、山上に総石垣・三重天守を備えた近世城郭へと大改修し、総延長約3.7kmに及ぶ壮大な石垣群を築き上げた。この普請により高取城は日本三大山城に数えられる威容を得た。