元亀2年（1571年）、織田信長の命を受けた明智光秀が比叡山焼き討ちの功績で近江を与えられ、琵琶湖畔のこの地に坂本城を築いて居城とした。天正10年（1582年）の本能寺の変で信長を討った光秀は山崎の戦いに敗死し、秀吉軍の追撃を受けた坂本城では明智秀満と光秀の妻子が自害、城は炎上して落城した。