永仁2年(1294年)、日蓮六老僧の一人・日持上人が蝦夷地(北海道)への渡航を目指して善知鳥村(現青森市)に滞在した折、風波のため出航できず、数ヶ月にわたってこの地に草庵を結んだことに起源を持つ。慶安3年(1650年)に京都・妙顕寺の日住が草庵を再興し、寛文4年(1664年)に現在地へ移転して寺号を「蓮華寺」と定めた。明治43年(1910年)の青森大火で焼失したが、昭和2年(1927年)に鉄筋コンクリート造で本堂を再建。昭和20年(1945年)の青森大空襲では耐火構造が功を奏して焼失を免れ、戦後は市役所仮庁舎として使用された。