創建年代は不詳だが、『続日本後紀』承和4年（837年）2月条に「伯耆神」の神階昇叙の記録があり、平安時代にはすでに朝廷から重んじられる古社であったことがわかる。延長5年（927年）成立の『延喜式』神名帳に記載された式内社で、社名の「波波伎」が令制国名「伯耆」の語源になったという説もあるほど、古代伯耆国において重要な位置を占めた神社と伝わる。主祭神は八重事代主命で、天稚彦神・下照姫神ら計9柱を祀る。境内のスダジイ・タブノキの原生林は1934年に国の天然記念物に指定され、境内にある福庭古墳（古墳時代後期）は1956年に鳥取県指定史跡となっている。