新宿区箪笥町に位置する真言宗豊山派の寺院。弘法大師信仰を核に護摩祈祷を行い、厄除け・開運のご利益で知られる。近世の武家屋敷が密集した閑静な地に創建されたと伝わる。

箪笥町一帯はかつて江戸城下の武家地として整備された地区であり、南藏院もその一角に根付いたと伝わる。真言宗豊山派は奈良・長谷寺を総本山とする宗派で、密教の修法と弘法大師への帰依を軸に民衆の信仰を集めてきた。江戸時代には周辺の武家や町人が護摩祈祷や季節の法要に訪れ、地域の精神的支柱となっていたとされる。明治以降の近代化によって周囲の街並みは大きく変化したが、寺院は法灯を絶やすことなく現代に至る。現在も護摩祈祷や彼岸法要を通じて地域住民との縁を結び続けている。