天正3年（1575年）、織田信長の命を受けて丹波攻略を開始した明智光秀は、当初この余部（丸岡城）の地を拠点として軍を展開した。天正5年（1577年）に新たな居城・亀山城の築城に着手し、翌天正6年（1578年）頃までに拠点機能は亀山城へ移されたが、それまで丹波攻めの前線基地として重要な役割を果たした。