天正17年（1589年）、天草五人衆が宇土城普請への協力を拒んだことから合戦が起こり、小西行長は加藤清正とともに天草種元の本渡城を攻め落とした。宣教師ルイス・フロイスの記録によれば、行長の軍勢は城兵や司祭の多くを助命したという。

天正17年（1589年）の天草国人一揆で、加藤清正は小西行長とともに天草種元の本渡城を本丸から攻め、城兵をほぼ全滅させたと伝わる（宣教師ルイス・フロイスの記録による）。